两家公司之间的业务分两个阶段，第一阶段是合作建房，形式上看是甲公司提供土地，你公司提供资金，但问题没有说明或者合作协议中没有写明建成后房屋的分配形式，而且形式上你公司将所建成的房屋作为办公用房使用，但这并不意味着你公司就可以无偿使用其土地。联系随后的转让业务，则可以认定你们两家企业之间的情况具有合作建房的性质，即一方提供土地，一方提供资金，双方合作建房，建成后按比例分房的情况。
营业税方面，这种情况很可能属于（要按双方的实际合作协议分析确定）国家税务总局印发的《营业税问题解答（之一）》（国税发[1995]156号）中所说的“土地使用权和房屋所有权相互交换，双方都取得了拥有部分房屋的所有权。”按规定，在这一合作过程中，甲方以转让部分土地使用权为代价，换取部分房屋的所有权，发生了转让土地使用权的行为；乙方则以转让部分房屋的所有权为代价，换取部分土地的使用权，发生了销售不动的行为。因而合作建房的双方都发生了营业税的应税行为。对甲方应按“转让无形资产”税目中的“转让土地使用权”子目征税；对乙方应按“销售不动产”税目征税。由于双方没有进行货币结算，因此应当按照《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则》的规定分别核定双方各自的营业额。而贵公司将分得的房屋销售出去，则又发生了销售不动产行为，应对这部分销售收入再按“销售不动产”税目征收营业税。
土地增值税方面，按《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税[1995]48号）规定“关于合作建房的征免税问题：对于一方出地，一方出资金，双方合作建房，建成后按比例分房自用的，暂免征收土地增值税；建成后转让的，应征收土地增值”。比照此规定，贵公司在将分得的不动产进行转让的，按规定应该计缴土地增值税。即使不考虑合作建房因素，仅就贵单位将自用房产进行转让的情况，即属于《中华人民共和国土地增值税暂行条例》规定的应征税行为。但因为情况较复杂，税务机关需要核定各项数据以确定税基。
另外，按照国家税务总局《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发〔2009〕31号）的规定精神，㈠
企业以本企业为主体联合其他企业、单位、个人合作或合资开发房地产项目，且该项目未成立独立法人公司的，企业所得税按下列规定进行处理：⑴凡开发合同或协议中约定向投资各方（即合作、合资方，下同）分配开发产品的，企业在首次分配开发产品时，如该项目已经结算计税成本，其应分配给投资方开发产品的计税成本与其投资额之间的差额计入当期应纳税所得额；如未结算计税成本，则将投资方的投资额视同销售收入进行相关的税务处理。⑵凡开发合同或协议中约定分配项目利润的，应按以下规定进行处理：①
企业应将该项目形成的营业利润额并入当期应纳税所得额统一申报缴纳企业所得税，不得在税前分配该项目的利润。同时不能因接受投资方投资额而在成本中摊销或在税前扣除相关的利息支出。②投资方取得该项目的营业利润应视同股息、红利进行相关的税务处理。㈡企业以换取开发产品为目的，将土地使用权投资其他企业房地产开发项目的，企业所得税按以下规定进行处理：企业应在首次取得开发产品时，将其分解为转让土地使用权和购入开发产品两项经济业务进行所得税处理，并按应从该项目取得的开发产品（包括首次取得的和以后应取得的）的市场公允价值计算确认土地使用权转让所得或损失。你们双方可比照分析各自的所得税处理。
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